El Museo del Prado –depositario de uno de los mayores conjuntos artísticos de España– viviría en plena contienda civil uno de los episodios más singulares de su historia. El traslado de sus obras más importantes, que siguieron al Gobierno de la República hasta su entrega a la Sociedad de Naciones en Ginebra en 1939.
La Junta de Incautación y Protección del Tesoro Artístico impulsada por el gobierno, se materializó al inicio de la sublevación militar – ante la amenaza de las destrucciones de bienes eclesiásticos por los levantamientos obreros y las unidades militares, y los bombardeos aéreos de poblaciones y objetivos civiles. Para evitar pérdidas o expolios, se habilitaron Archivos, Bibliotecas y Museos del Estado –entre ellos el Prado– como depósitos para el traslado y conservación de objetos de arte o históricos y científicos, realizando actas para facilitar el control y poniendo en práctica medidas de protección in situ de edificios y monumentos. Extremó su labor en el Museo del Prado, solicitando asistencia en la protección de sus bienes, que sumaban también los procedentes del Patrimonio de la República, Museo de Ciencias Naturales y del Jardín Botánico.
A finales de octubre de 1936, las tropas sublevadas sitiaban Madrid; el museo mantuvo sus puertas abiertas hasta los primeros bombardeos, momento en que se instituyó el cierre y tomaron medidas de protección y defensa. El 16 y 18 de noviembre, los centros de cultura oficiales fueron bombardeados: la Biblioteca Nacional, el Museo de Arte Moderno, el Archivo Histórico Nacional, el Museo Arqueológico Nacional y la Academia de Bellas Artes de San Fernando; nueve proyectiles impactaron en el Museo del Prado, sin causar daños graves. Sánchez Cantón, entones director en funciones del Prado – Pablo Ruiz Picasso, nombrado director por el Gobierno, nunca llega a tomar posesión del cargo – recibe una orden de la Dirección General de Bellas Artes y el Ministerio de Instrucción Pública notificándole la decisión del Gobierno de evacuar a Valencia las obras más valiosas del Prado: 42 cuadros debían ser preparados para el envío inicial, muy pronto el gobierno tiene que abandonar Madrid y trasladarse a Valencia.